Впрочем, история его создания не так проста. Во-первых, само создание произведения именно для органа было для композитора несколько неожиданным. Среди других успешных французских композиторов Пуленк был, пожалуй, единственным, кто обучался в консерватории и не получал академических знаний о том, как писать для органа.

Однако задачей Пуленка изначально было сочинить несложную органную пьесу в сопровождении камерного оркестра, причем органа совсем не большого, находящегося не в церкви, соборе, а стоящего в светском салоне.  Партия органа должна была быть несложной, такой чтобы ее могла исполнить сама заказчица - баронесса Эдмонд де Полиньяк. Заказ был сделан княгиней в 1934 году, в результате только спустя 4 года - 16 декабря 1938 концерт был исполнен, за органом солировал  известный в то время органист и композитор Морис Дюрюфле. Наде Буланже, которая дирижировала концертом во время первого исполнения, Пуленк писал:

"... скажи дорогой графине, что концерт не миф, что я стыжусь [за задержку], но я представлю его ей только, когда он станет безупречным, с тем несовершенным совершенством, которым отличается мое своеобразие". 

Это письмо относится к 1936 году, впрочем, как и следующие строки:

"Концерт почти закончен. Он доставил мне много неприятностей, но я надеюсь, что, такой, какой он есть, он - хорош, и что он понравится Вам. Это не забавный концерт Пуленка для двух фортепьяно, а скорее как бы путь Пуленка в монастырь ..."

"Черная Богоматерь" в Рокамадуре

Вскоре Френсиса Пуленка потрясла смерть  его коллеги в ужасной автокатастрофе. Это был молодой критик и композитор Пьер-Октав Ферро. Он совершает паломничество к древней святыне Черной Богоматери в Рокамадуре, где с ним происходит своего рода религиозное преображение. После двух лет неопределенности, вроде "почти законченный" Органный концерт в значительной степени перерабатывается; Пуленк позже описывает его как находящегося "на грани религиозной музыки». Естественно, сам солирующий инструмент - орган - ассоциируется с церковью. Но дело не только в этом. Несмотря на присутствие трех быстрых разделов с «ярмарочно-озорными» ремарками «шутливо, радостно, весьма живо, очень весело» медленной музыки  в этом концерте по времени гораздо больше, чем быстрой. «Религиозны» и последние страницы сочинения: после возвращения начальной барочной темы – аlla Токката Баха ре минор - наступает тихая, почти церковно-обрядовая музыка.

Незадолго до своей смерти в изгнании в Англии во время войны, княгиня де Полиньяк писала Пуленку, что благодарит его за счастье, принесенное его  работой; ее воспоминания о "ее" Органном концерте выражались пятью простыми словами - "Его проникновенная красота преследует меня".